Sin dalle origini, la Facoltà di Filosofia della Pontificia Università San Tommaso d’Aquino si è inserita nel quadro di rinnovamento della Chiesa e del mondo accademico ponendo al centro il pensiero di San Tommaso. L’insegnamento all’interno della Facoltà, viene impartito nel rispetto della tradizione tomista, senza però tralasciare la conoscenza più ampia della storia della filosofia in tutta la sua molteplicità.

La Facoltà offre tre cicli di studi: il primo ciclo che si conclude con il rilascio del diploma di Baccalaureato (tre anni di studio); il secondo ciclo che si conclude con il rilascio del diploma di Licenza (almeno due anni di studio) e il terzo ciclo con il quale si consegue il diploma di Dottorato (almeno tre anni di studio).

Il grado di Licenza corrisponde al grado master European-style.

A partire dal 2003, la Santa Sede ha aderito al Processo di Bologna, che ha istituito lo Spazio europeo dell’istruzione superiore con l’intento di sostenere una maggiore compatibilità e comparabilità accademica in tutta Europa ed oltre. Pertanto, dal 2010, anche la Facoltà di Filosofia ha adottato ed utilizza costantemente la certificazione di studio secondo il criterio del Credit Transfer System (ECTS).
L’attuale ordine degli studi della Facoltà segue la Costituzione Apostolica Gaudium Veritatis (2018).